Hlavnou náplňou práce školského špeciálneho pedagóga na škole je priama práca so žiakmi so ŠVVP. Títo žiaci prichádzajú do učebne špeciálneho pedagóga na individuálne konzultácie podľa vopred stanoveného rozvrhu. Na hodine sa venujú rozvíjaniu tej kognitívnej funkcii, ktorú predchádzajúce diagnostické vyšetrenia odhalili ako problematickú. Časť hodiny je možné využiť aj na objasnenie edukačného obsahu, ktoré sa pri aplikácii bežných pedagogických metód zo strany vyučujúceho dieťaťu nepodarilo pochopiť. Dôležitou súčasťou špeciálnopedagogickej intervencie sú aj rozhovory so žiakmi, ktoré majú posilniť vzťah školského špeciálneho pedagóga a žiaka na základe dôvery, stimulovať aktivitu a snahu dieťaťa a súčasne ho motivovať do ďalšej práce.