Školský špeciálny pedagóg spolupracuje a usmerňuje učiteľov pri vzdelávaní žiakov so špeciálnymi výchovno-vzdelávacími potrebami. Pomáha pri tvorbe individuálnych výchovno-vzdelávacích programov. Konzultuje priebeh a výsledky nastaveného procesu integrácie, prípadne pomáham učiteľom riešiť problémy žiakov so ŠVVP. Spolupráca s výchovným poradcom sa zameriava najmä na absolvovanie celoštátneho testovania piatakov a deviatakov so ŠVVP a na ich umiestnenie na primeraný typ strednej školy.
Pre optimálny priebeh integrácie spolupracuje s poradenskými ištitúciami predovšetkým s centrami špeciálnopedagogického poradenstava a pedagogicko-psychologického poradenstva a prevencie, prípadne s lekármi.